Die Sicherheit hat oberste Priorität im Zugverkehr. Dies gilt insbesondere für Tunnel. Das Projekt hat hierbei zwei Besonderheiten: Es handelt sich erstens um Deutschlands längsten Eisenbahntunnel und zweitens um ein grenzüberschreitendes Projekt zwischen zwei Ländern, d.h. alle Abstimmungen sind zusätzlich mit den staatlichen tschechischen Stellen, dem Bezirk Ústí nad Labem und der tschechischen Eisenbahnverwaltung Správa železnic zu führen.
Gemäß der Richtlinie zum Brand- und Katastrophenschutz in Eisenbahntunneln des Eisenbahn-Bundesamts sind für Tunnel mit über 1.000 m Länge auf Mischverkehrsstrecken getrennte Tunnelröhren vorzusehen. Zweigleisige Tunnelröhren sind aufgrund des Begegnungsverbotes von Güter- und Personenverkehrszügen nicht mehr zulässig. Der Mindestabstand der Tunnelachsen beträgt wegen der zwischen den Röhren anzuordnenden Rettungsschleusen ca. 24,70 m.
Der Erzgebirgstunnel erhält Querstollen als Notfallverbindungen im Abstand von max. 500 m sowie eine nach EU-Vorschriften erforderliche unterirdische Nothaltestation in der Nähe des Tunnelscheitelpunktes. Über die Querstollen und die Nothaltestation können die Passagiere im Notfall die sichere Tunnelröhre auf der gegenüberliegenden Seite erreichen.
Möglichkeiten zum Überholen müssen eingeplant und geschaffen werden. Aus Sicherheitsgründen sind diese nach derzeitigem Sachstand außerhalb der Tunnelröhren zu planen. Bei einer Tunnellänge von mindestens 25 km ist vor und nach dem Tunnel ein Überholbahnhof einzuplanen. Vor und nach den Überholgleisen müssen außerdem Überleitverbindungen für Streckengleise angeordnet werden (erforderlicher Gleiswechselbetrieb).
Die Anordnung von Überholgleisen für Güterzüge mit einer Länge von 740 m und Abzweigweichen (mit der Entwurfsgeschwindigkeit ve = 80 km/h) sowie den zugehörigen Überleitverbindungen (ve = 100 km/h) vor und hinter den Abzweigweichen für den Gleiswechselbetrieb führen zu einer Gesamtlänge des Überholbahnhofes in der Geraden von ca. 1.030m und im Bereich von Kurven von ca. 1.100 m. Die maximal zulässige Längsneigung in Überholbahnhöfen beträgt 2,5 ‰.
Die einschlägigen Richtlinien und Normen für den Bau von neuen Eisenbahntunneln in Deutschland, Österreich und der Schweiz beziehen sich bei den geforderten Sicherheitsmaßnahmen in der Regel auf Tunnellängen bis 20 km. Bei sehr langen Tunneln überschreitet die Fahrzeit eines Zuges die Dauer gesicherter Laufeigenschaften unter Vollbrandbedingungen (15 Minuten bei min. 80 km/h [TSI LOC&PAS]). Sehr lange Tunnel erfordern deshalb besondere Sicherheitsmaßnahmen, die im Einzelfall festzulegen sind [EBA Richtlinie „Anforderungen des Brand- und Katastrophenschutzes an den Bau und den Betrieb von Eisenbahntunneln“].
Die Länge der Nothaltebereiche resultiert aus der maximalen Länge eines Reisezuges. In verschiedenen Publikationen (z. B. „Sicherheits- und lüftungstechnische Gegenüberstellung von Nothaltestellen sehr langer Eisenbahntunnel“ in Geomechanics and Tunneling (2013), No. 6) sind die sicherheitstechnischen Aspekte der neuen alpendurchquerenden Bahntunnel in Europa Lötschberg-, Gotthardt-, Brenner-, Semmering- und Koralmtunnel zusammengestellt. Vergleichend aufgrund der Tunnellänge sowie angesichts der Aktualität wird das Konzept der Nothaltestellen (NHS) des Koralmtunnels als Beispiel zur Umsetzung im Projekt NBS Dresden–Prag aufgezeigt.