Novostavba tratě prochází oblastí s komplexními geologickými a hydrogeologickými poměry. Během přeshraniční spolupráce v rámci programu INTERREG Česká geologická služba (ČGS) a Zemský úřad životního prostředí, zemědělství a geologie (LfULG) identifikovali sedm hlavních geologických jednotek, které mají pro budoucí podrobnější šetření v rámci přípravy projektu novostavby velký význam. Těmito jednotkami jsou ze severu na jih:
Kromě toho všechny varianty trasy (viz postup územního plánování) protítá několik poruchových zón. Pro geologické zhodnocení uvažovaných variant nejsou důležité jen geomechanické vlastnosti příslušných hornin, ale také orientace hlavních poruch vůči plánované ose tras. Poruchové zóny se rovněž často vyznačují oblastmi snížených smykových sil, a proto musí být v rámci přípravy projektu velmi důkladně prozkoumány. Nutnost důkladného prověření platí také pro příhraniční prostor, kde se sbíhají všechny trasové varianty a přecházejí křížením zóny údolí Gottleubatal se strukturou Petrovice-Döbra. Zcela mimořádnou geotechnickou výzvou je protnutí krušnohorského zlomu, jedné z největších poruchových zón na jižním okraji Krušných hor na české straně.
Projekt dostává v rámci přeshraniční spolupráce na rozvoji železniční dopravy mezi Českou republikou a Saskem fundovanou podporu také v oboru geologie, a sice díky expertíze Saského zemského úřadu životního prostředí, zemědělství a geologie.
Od června 2020 do (pravděpodobně) září 2021 probíhají na vybraných místech podél stávající tratě a v řešeném prostoru nové tratě geologické průzkumy s cílem rozšíření znalostí o poměrech podloží a zapracování těchto poznatků do projektu. V rámci těchto průzkumů jsou prováděny vrtané sondy, ze kterých jsou z podloží odebírány vzorky horniny a zeminy a ty jsou dále podrobeny m.j. geotechnickému rozboru.
Ve spolupráci se Saským zemských úřadem pro životní prostředí, zemědělství a geologii jsou pro vrty vybírány různé lokality.
Jsou prověřovány tyto prostory:
Bližší informace o vrtech 1, 2 a 3 a dále o přehledové mapě naleznete v mediatéce.
Zhotovitel označuje v terénu od začátku června místa vrtů dřevěnými kolíky.
Průzkumné vrty se provádějí od července.