Bezpečnost má v železniční dopravě nejvyšší prioritu. A to platí především pro tunely. Projekt má přitom dva mimořádné znaky: jednak se jedná o nejdelší tunel v Německu a jednak se jedná o mezinárodní projekt mezi dvěma státy, tzn. je třeba zajistit veškerou koordinaci s českými státními úřady, okresem Ústí nad Labem a českou Správou železnic.
V souladu se směrnicí o požární ochraně a zajištění bezpečnosti v případě mimořádné události v železničních tunelech spolkové železniční sítě je třeba tunely s délkou nad 1 000 m na tratích se smíšeným provozem realizovat jako dvě oddělené tunelové roury. Dvoukolejné tunelové roury již nejsou vzhledem k zákazu potkávání nákladních a osobních vlaků povoleny. Minimální osová vzdálenost tunelových os činí vzhledem k záchranným propojením mezi oběma tunelovými rourami přibližně 24,70 m.
Krušnohorský tunel bude vybaven příčnými štolami, které budou sloužit jako nouzové propojení a bude mezi nimi maximální odstup 500 m, a podzemní stanicí nouzového zastavení požadovanou předpisy EU v blízkosti sedla tunelu. Cestující mohou v případě nouze uniknout přes příčné štoly a nouzovou zastávku do druhé tunelové roury na protější straně, kde dané nebezpečí nehrozí.
Je třeba vytvořit a vyprojektovat možnosti předjíždění. Z bezpečnostních důvodů musí projekt počítat s jejich umístěním mimo tunelové roury. Při minimální délce tunelu 25 km je nutné před a za tunelem začlenit předjížděcí nádraží. Před a za předjížděcími kolejemi se musí kromě toho nacházet přejížděcí propojení traťové koleje (potřebný střídavý provoz koleje).
Uspořádání předjížděcích kolejí pro nákladní vlaky s délkou 740 m a výhybkami na odbočce (s návrhovou rychlostí ve = 80 km/h) a příslušným propojením (ve = 100 km/h) před a za odbočnými kolejemi pro střídavý provoz koleje vede k celkové délce výhybného nádraží přibližně 1 030 m na rovném úseku a přibližně 1 100 m v místě zatáček. Maximální povolený podélný sklon v předjížděcích nádražích činí 2,5 ‰.
Příslušné směrnice a normy pro výstavbu nových železničních tunelů v Německu, Rakousku a Švýcarsku se zpravidla vztahují z hlediska požadovaných bezpečnostních opatření na tunely s délkou do 20 km. U velmi dlouhých tunelů překračuje doba jízdy vlaku délku zabezpečených jízdních vlastností za podmínek plného požáru (15 minut při min. 80 km/h [TSI LOC&PAS]). Velmi dlouhé tunely proto vyžadují mimořádná bezpečnostní opatření, která se stanovují pro daný případ [směrnice EBA „Požadavky na požární ochranu a bezpečnost v případě mimořádné události pro stavbu a provoz železničních tunelů“].
Délka oblastí nouzového zastavení vyplývá z maximální délky osobního vlaku. V jednotlivých publikacích (např. „Bezpečnostní a vzduchotechnické srovnání nouzových zastávek velmi dlouhých železničních tunelů“ v publikaci Geomechanics and Tunneling (2013), č. 6) jsou sdružena bezpečnostně technická hlediska nových železničních tunelů protínajících Alpy, tedy Lötschbergského, Gotthardtského, Brennerského, Semmeringského a Koralmského tunelu. Na základě srovnání délky tunelu a aktuality je jako příklad realizace pro projekt novostavby železniční tratě z Prahy do Drážďan uvedena koncepce nouzových zastávek Koralmského tunelu.